准格尔旗中蒙医院
准格尔旗中蒙医院是一所集医疗、预防、保健、康复、教学、科研为一体的具有中蒙医特色的国家“三级乙等中医蒙医医院”。准格尔旗中蒙医院于1981年在院旗政府所在地沙圪堵镇建院。2002年12月准格尔旗中蒙医院由沙圪堵镇整体搬迁至旗政府驻地薛家湾镇。2005年5月开始在薛家湾新建准格尔旗中蒙医院，2006年3月新院建成并投入使用。后经多次回购、扩建形成现在的规模，整体占地面积12000平方米，建筑面积30000平方米。准格尔旗中蒙医院总体由门诊楼、医技楼、东西住院楼、体检楼、感染性疾病楼等五部分组成。
鄂尔多斯市蒙医医院
鄂尔多斯市蒙医医院有两个院区，分别为内蒙古鄂尔多斯市康巴什新区康宁路、内蒙古鄂尔多斯市东胜区林荫路1号，始建于1979年，总建筑面积52152平方米，是一所集蒙医药研究与治疗为一体的三级乙等民族医院，先后被评为“全国三级乙等民族医医院”、“全国爱国卫生先进集体”、被国家中医药管理局授予“全国中医药科技管理工作先进集体”、“全国蒙中医院文化建设先进单位”、“鄂尔多斯市文明单位”等荣誉称号。
东胜区人民医院
东胜区人民医院始建于1952年，现已发展成为鄂尔多斯市东胜区具有一定规模的集医疗、预防、康复、保健、科研、教学为一体的自治区二级综合性现代化医院，内蒙古自治区首家“温暖中国行动”定点医院，鄂尔多斯市医疗机构医保A级单位。医院占地面积34000平方米，建筑面积29000平方米，固定资产1.8亿元，设置床位数400张，开放床位数300张，临床科室15个，医技科室14个，职能科室14个。现有职工460人，其中在编人员259人，聘用人员201人。初级技术职称276人，中级技术职称100人，高级技术职称74人。年门
达拉特旗人民医院
达拉特旗人民医院在历任领导和全体医务人员的共同努力下，经过半个多世纪的不断发展，医院在规模、管理、人才、设备、医疗技术和服务质量诸方面取得了极大进步，是鄂尔多斯市内旗、区中规模最大、技术力量雄厚、医疗设备齐全、环境一流的综合性公立医院，也是本地区唯一一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的大型公立三级综合医院，与北京朝阳医院、安贞医院、中科院肿瘤医院、协和医院、内蒙古自治区人民医院、内蒙古医科大学及附属医院等著名医院建立协作关系。医院于2013年3月晋升为“三级综合医院”，是市级文明单位、自治区文明
鄂尔多斯市中医医院
鄂尔多斯市中医医院始建于1983年，是鄂尔多斯地区唯一一所非营利性地市级中医医院，是一所集中医医疗、预防、康复、保健为一体的综合性三级中医医院。
准格尔旗中心医院
准格尔旗中心医院，是一所集医疗、预防保健、科研教学、体检、职业病诊查和计划生育指导为一体的三级综合医院。市级文明单位标兵。1999年被国家卫生部评定为“爱婴医院”，2000年被评为内能古自治区“百佳医院”，被国家卫生部指定为国际紧急救援中心网络医院之一。
鄂托克前旗人民医院
鄂托克前旗人民医院始建于1981年，1983年开设门诊，完成科室组建任务。是我旗唯一一所集医疗、教学、科研为一体的综合性医院，非营利公益性医院，爱婴医院，医疗保险定点医院，合作医疗定点医院，鄂前旗120急救中心，孕产妇急救中心。无假日24小时无缝隙排班模式，急症和交通事故绿色通道畅通，为病人提供及时有效的抢救和治疗。
鄂尔多斯市中心医院
鄂尔多斯市中心医院始建于1950年，是鄂尔多斯唯一的三级甲等综合医院，是内蒙古医科大学临床医学院，成立了内蒙古超声医学研究所，是自治区超声质量控制中心，拥有国家级临床重点专科重症医学科和自治区领先学科超声医学科。有影像科、骨科、普通外科、眼科等16个市级领先重点学科。